В Томской области задержан руководитель ООО «Томскнефтепереработка» в результате проведенной операции обыска мест жительства директоров указанной организации сотрудниками ГУ экономической безопасности при силовой помощи СОБР «Рысь». В ходе операции были найдены финансовые и бухгалтерские документы, а также печати около 20 аффилированных организации ООО «Томскнефтепереработка» российских и иностранных юридических лиц. В процессе обыска были изъяты электронные банковские карты и соответствующие магнитные носители. Ущерб, причиненный руководством оценивается как 1,3 млрд. руб.
Следственным департаментом МВД было установлено, что в 2011 году руководители компании ООО «Томскнефтепереработка» заключили внешнеторговый контракт с кипрской оффшорной компанией, на счет которой и перечислили $21 млн. за поставку оборудования. Но в дальнейшем не было ни поставки оборудования, ни возврата денежных средств.
Еще одной махинацией директоров организации стало мошенничество с возмещением НДС. В 2012 году была заключена фиктивная сделка и подписан договор на поставку нефти. Но все операции были только на бумаге в документах, а фактического денежного оборота осуществлено не было. Но в налоговые органы были направлены бумаги о возмещении переплаченного НДС в размере 18 млн. рублей. Данные денежные средства были выплачены организации.
В настоящее время открыто уголовное дело по нескольким статьям по мошенничеству в особо крупном размере. В отношении председателя «Томскнефтепереработка» осуществляется выбор меры пресечения
